Según Pedro de Morote, procede de la casa de los Duques de Bretaña en Francia, y uno de sus Príncipes pasó a la Corte de Navarra, donde casó con una señora propietaria de las casas de Funes de Toloes, Peralta y otras. En efecto, el origen de esta familia es navarro y tomaron sus caballeros el apellido de Funes por ser Señores de la villa y castillo del mismo nombre, que hoy pertenecen al partido judicial de Tafalla. Ganaron el castillo de Funes a los moros, y adquirieron, por este derecho de conquista, el Señorío del mismo, así como el de la villa que defendía. Pasaron a Aragón, donde fueron Señores de la Baronía de Quinto y Marqueses de Ossera. Otra línea de Funes creó casa solar en la villa de Peralta, del partido judicial de Tafalla, y de esa casa fue originario Pedro de Funes, esposo de doña María Ana de Godoy, y ambos padres de Juan y Pedro de Funes, naturales de Tafalla, que en el año de 1667 obtuvieron confirmación de la nobleza que les correspondía como descendientes de la citada casa solar de Funes, en la villa de Perata. Otra línea se apellidó Funes de Álava y tuvo casa en Tudela. También pasaron a Murcia y Valencia. El origen de la familia que nos ocupa es navarro y tomaron sus caballeros el apellido de Funes, por ser señores de la villa y castillo del mismo nombre, que hoy pertenecen al partido judicial de Tafalla. Mosén Jaime Febrer cita a Pedro de Funes, caballero navarro, cuya familia disfrutaba de jurisdicción sobre los que vendían, si defraudaban en los géneros. Tomó parte en la conquista de Valencia y quedó premiado con hacienda en Benifayó. Menciona el mismo autor a Bernardo de Funes, y dice que era de la familia del rey don Jaime I. Durante la conquista de Mallorca, fue víctima de una emboscada cierta noche, pero logró escapar sin daño. Sirvió también en Valencia y Murcia. Un Rui González de Funes, que tuvo a su cargo el castillo de Ariza, tomó parte en la guerra de Mallorca y sirvió al rey don Jaime II contra Castilla, en 1299. Poseyó el señorío de Villel. D. FERNANDO SÁNCHEZ (hijo bastardo dcl rey D. Fernando II de León y Galicia, abuelo de San Fernando) fue el tronco de esta familia esclarecida, al decir de los antiguos genealogistas. Este señor casó con Dª Teresa Gómez, de la cual tuvo por hijo a D. DIA SÁNCHEZ DE FUNES y a su hermana Dª María Sánchez, que casó en Galicia con D. Gómez Enríquez, del linaje de los DEZA. Don Día Sánchez fue gran caballero y capitán general de la frontera del reino de Jaén, en 1269; se halló en la toma de Sevilla, y llamóse de Funes porque se tuvo por gran hazaña el haberla arrebatado a los moros, y cuyo castillo poseyó hasta 1242, en que lo dio graciosamente a la Iglesia de Toledo. Su hija     Dª JUANA DÍAZ casó con Rodrigo Iñiguez de Biedma, alcaide de los alcázares de Jaén, y tuvo por hijo a D. DIA SÁNCHEZ DE BIEDMA, del que proceden los condes de Santisteban del Puerto, los señores de Jódar, del apellido Carbajal, etc. Navarro. De la villa de su nombre, partido judicial de Tafalla. Una rama pasó a Lorca, donde fundó nueva casa. Probó su nobleza en las Ordenes de Santiago y Carlos III.

Escudos de Armas del apellido:
Las primitivas del linaje y de la casa solar de la villa de Funes, fueron: De plata, sembrado de armiños de sable. El jefe de gules. Así las trajeron los Señores de Funes, Micer Juan de Funes, fundador de la rama de la Baronía de Quinto, los Marqueses de Ossera y los Funes de Aragón. Algunos caballeros de esa misma rama modificaron dicho escudo, organizándolo así: De plata, con cinco armiños de sable, puestos tres y dos. Otros Funes, dimanados de la casa solar navarra de la villa de Funes y la rama de Lorca, usaron: Escudo cortado: La partición alta, de plata, con seis armiños de sable puestos en dos fajas, y la partición baja de gules, sin figuras. Pedro de Funes, caballero navarro que pasó a la conquista de Valencia y fue premiado por el Rey don Jaime I con hacienda en Benifayó, y que cita Mosén Jaime Febrer, traía también escudo cortado: La partición alta, de azur, sin figuras, y la partición baja, de plata, con cinco armiños de sable puestos tres y dos. Los apellidados Funes de Álava, con casa en Tudela (Navarra), ostentan: "De azur, con una estrella, una cruz y orga, todo de oro, y alrededor del escudo crucetas del mismo metal". Así constan en una ejecutoria del año 1561. En el nobiliario "Armería de España", manuscrito y anónimo, figuran también como propias de una rama de Funes, estas otras armas: De plata, con siete armiños de sable, y brochante sobre el todo una faja del mismo color. Pedro de Funes, el caballero navarro que pasó a la conquista de Valencia, que fue premiado por el rey don Jaime I con hacienda en Benifayó y que cita mosén Jaime Febrer, traía escudo cortado : La partición alta, de azur, y la baja, de plata, con cinco armiños de sable puestos tres y dos. El otro caballero Bernardo de Funes (mencionado igualmente por Febrer), que era natural de Huesca y de la familia del rey don Jaime I de Aragón, tenía : En campo de oro, un león andante de su color, con las manos atadas con cuerdas, y bordura de plata, con este lema en letras de sable : «Funes, peccatorum apprehenderunt me». También usan estas armas algunos Funes de Valencia. En campo de plata, un león rampante, de gules. Escudo de plata sembrado de armiños de sable; el jefe, de gules. Los de Lorca traen escudo cortado: 1.°, en campo de plata, seis armiños de sable puesto en dos fajas, y 2.º, de gules pleno.

Simbología de los escudos de Armas:
Teniendo en cuenta la indumentaria que en la Edad Media vestían los caballeros en la batalla (armadura, celada, etc.), y que los hacía irreconocibles, resultaba necesario buscar un método de identificación y distinción entre los contendientes, que fuera revelador, preciso y rápido a una cierta distancia. De ahí surge la fórmula de exhibir en sus escudos tinturas, emblemas, etc., que los diferenciase de forma inequívoca y singular en el campo de batalla. Por eso la simbología heráldica, en su origen, buscaba formas y colores que fuesen notorios y permitiesen distinguir a sus portadores de un golpe de vista. Tal vez es exagerada la tendencia de algunos autores de dar significado o contenido a todos los emblemas (piezas, muebles, etc.) y esmaltes heráldicos, aun así hay varios tratados que estudian la simbología de los blasones de forma muy exhaustiva, entre ellos: "Ciencia Heroyca", de Don José de Avilés. Año 1725; y "Adarga Catalana", de Don Francisco Xavier de Garma y Duràn. Año 1753 Por las Leyes de la Heráldica, cuantos lleven el oro en sus escudos están obligados a hacer el bien a los pobres y a defender a sus príncipes, peleando por ellos hasta su última gota de sangre. El oro simboliza el topacio. En las armerías de los reyes se le llama "sol", en las de los nobles con título de Duque, Marqués, Conde, etc, "topacio" y en el de la nobleza en general "oro". En su relación con los astros el oro es el Sol; de los doce signos del Zodiaco, Leo; de los elementos, el fuego; de los días de la semana, el domingo; de los meses del año, julio; de los árboles, el ciprés y de las flores, el girasol; de las aves, el gallo; de los cuadrúpedos, el león y de los peces, el delfín. La plata en las armerías recibe el nombre de Luna, en lo que se refiere a las de los soberanos; en las de los títulos, perla, y en las de los restantes nobles, plata; significa blancura, pureza, y los que la llevan en sus armas están obligados a defender a las doncellas y amparar a los huérfanos. La plata significa en su correspondencia con las piedras preciosas la perla. De los astros, la Luna; de los signos del Zodiaco, Cáncer, y de los elementos, el agua; de los días de la semana, el lunes; de los meses del año, los de enero y febrero; de los árboles, la palmera; de las flores, la azucena; de las aves, la paloma; y de los animales, el armiño. El color rojo, denominado en Heráldica, gules, simboliza el valor, la intrepidez y la valentía. Aquellos que llevan este color en sus blasones tienen la obligación de socorrer, amparar y defender, a los injustamente oprimidos. Representa al rubí, y en lo que se refiere a los signos del Zodiaco corresponde a Marte, Aries y Escorpio; como elemento, el fuego; el día, el martes y el mes, el de octubre; el metal, el cobre; árbol, el cedro y la flor, el clavel; de las aves, corresponde al pelícano. El gules en las armerías de los reyes y príncipes se llama Marte; en las de los títulos, rubí, y gules en la generalidad de la nobleza. El esmalte azul (azur) simboliza la realeza, la serenidad y la hermosura. Los que los lleven en sus armas, están obligados a socorrer a los fieles servidores de sus príncipes que "se hallan sin remuneración por sus servicios". En las piedras preciosas representa al zafiro y en los signos del Zodiaco a que se encuentra sujeto son Tauro y Libra. Su elemento es el aire; su metal, el acero; el día de la semana, el viernes; los meses, abril y septiembre; su árbol, el álamo; la flor, la violeta; su animal, el camaleón y su ave, el pavo real. El azur se llama Júpiter en las armerías reales, zafiro en las de los títulos y azur en la nobleza. El ala representa a las alas del águila, simbolizando la libertad, dada sus ansias de volar y surcar los cielos. Los armiños, en heráldica, simbolizan la inclinación que tienen los hombres a viajar por tierra y mar; propensión que se atribuye a los Bretones. También representa la Pureza. El uso de traer los armiños por forros en sus vestidos, los Gobernadores y personas de representación, dió motivo a algunos heraldos para tener los armiños por símbolo de Dignidad. Fernando V, rey de Aragon, cuando echó de Calabria al duque de Lorena, descubierta la conspiración del príncipe de Resana, instituyó una Orden de caballería llamada del Armiño, dando a sus caballeros un collar de oro con un armiño pendiente, y por divisa el epígrafe "Malo mori quam faedari", para mostrar a los caballeros de dicha Orden que primero se debe morir que faltar a la fidelidad de su príncipe. La bordura simboliza protección, favor y recompensa; así mismo la cota que vestían los caballeros para la guerra y que al salir de la pelea, ostentándola manchada de sangre enemiga, eran premiados con el añadido de la bordura de escudo, como insignia de valor. La bordura también se usa para combinar armerías, con la particularidad que las armas situadas en la bordura tienen siempre carácter secundario. El caballero simboliza la nobleza. En los comienzos de la Edad Moderna, era "soldado de caballería, que servia a su costa con armas y caballo". Desde el reinado de Felipe III, Caballero es el "Hidalgo de Nobleza reconocida". La cruz es una pieza honorable, que representa la espada del caballero, dándose en Armería al combatiente que sacaba la espada teñida de sangre de sus enemigos. Del tiempo de las cruzadas quedaron algunas familias con la cruz por armas, para denotar que habían estado en ellas. La casa solariega, también llamada solar, casa fuerte, casa palacio, casa torre, casona, casal, etc., es el símbolo de las antiguas libertades de los nobles, caballeros e hidalgos, notoriedad y nobleza.