Opinan algunos autores que las familias de este apellido extendidas por Guipúzcoa, proceden del linaje de Bedoya santanderino que radicó en el lugar de su nombre, del Ayuntamiento de Cillorigo-Castro y partido judicial de Potes. Algún autor llega a afirmar que una rama pasó a Guipúzcoa y que se estableció en la villa de Salinas de Léniz, del partido judicial de Vergara. Sin embargo, es lo más probable que los Bedoyas guipuzcoanos nada tengan que ver con los Bedoyas santanderinos, sino que procedan de la anteiglesia de Bedoña, del Ayuntamiento de Arechavaleta, en el mismo partido judicial de Vergara, anteiglesia llamada también de Bedoya en documentos de los siglos XV y XVI. En apoyo de esto, añadiremos que muchos de sus individuos aparecen usando indistintamente los apellidos Bedoña y Bedoya. Juan de Bedoña y Juan Pascual de Bedoña, llamado el Mozo; Juan Ortiz de Bedona, platero; Mateo Ortiz de Bedoña y Sancho Sánchez de Bedoña, eran vecinos de Mondragón, en 1461. De la misma villa eran vecinos en 1446, Fortún y Marcos Ibáñez de Bedoya; Pedro de Bedoya, en 1530, y Domingo y Juan de Bedoya, hijos de Mateo Bedoya, en 1566.

Escudos de Armas del apellido:
Juan Carlos de Guerra recoge este escudo, que es el primitivo que usaron los Bedoya de Santander: Cuartelado: 1º y 4º, de azur, con un castillo de plata, y 2º y 3º, de oro, con una banda de gules engolada en cabezas de dragones de sinople. El mismo autor describe las armas de los Bedoya-Elejalde, de Salinas de Léniz, en esta forma: «Cortado en faja: en lo alto, tres fajas, y en lo bajo, dos bandas.» No indica los esmaltes.

Simbología de los escudos de Armas:
Teniendo en cuenta la indumentaria que en la Edad Media vestían los caballeros en la batalla (armadura, celada, etc.), y que los hacía irreconocibles, resultaba necesario buscar un método de identificación y distinción entre los contendientes, que fuera revelador, preciso y rápido a una cierta distancia. De ahí surge la fórmula de exhibir en sus escudos tinturas, emblemas, etc., que los diferenciase de forma inequívoca y singular en el campo de batalla. Por eso la simbología heráldica, en su origen, buscaba formas y colores que fuesen notorios y permitiesen distinguir a sus portadores de un golpe de vista. Tal vez es exagerada la tendencia de algunos autores de dar significado o contenido a todos los emblemas (piezas, muebles, etc.) y esmaltes heráldicos, aun así hay varios tratados que estudian la simbología de los blasones de forma muy exhaustiva, entre ellos: "Ciencia Heroyca", de Don José de Avilés. Año 1725; y "Adarga Catalana", de Don Francisco Xavier de Garma y Duràn. Año 1753 Por las Leyes de la Heráldica, cuantos lleven el oro en sus escudos están obligados a hacer el bien a los pobres y a defender a sus príncipes, peleando por ellos hasta su última gota de sangre. El oro simboliza el topacio. En las armerías de los reyes se le llama "sol", en las de los nobles con título de Duque, Marqués, Conde, etc, "topacio" y en el de la nobleza en general "oro". En su relación con los astros el oro es el Sol; de los doce signos del Zodiaco, Leo; de los elementos, el fuego; de los días de la semana, el domingo; de los meses del año, julio; de los árboles, el ciprés y de las flores, el girasol; de las aves, el gallo; de los cuadrúpedos, el león y de los peces, el delfín. La plata en las armerías recibe el nombre de Luna, en lo que se refiere a las de los soberanos; en las de los títulos, perla, y en las de los restantes nobles, plata; significa blancura, pureza, y los que la llevan en sus armas están obligados a defender a las doncellas y amparar a los huérfanos. La plata significa en su correspondencia con las piedras preciosas la perla. De los astros, la Luna; de los signos del Zodiaco, Cáncer, y de los elementos, el agua; de los días de la semana, el lunes; de los meses del año, los de enero y febrero; de los árboles, la palmera; de las flores, la azucena; de las aves, la paloma; y de los animales, el armiño. El color rojo, denominado en Heráldica, gules, simboliza el valor, la intrepidez y la valentía. Aquellos que llevan este color en sus blasones tienen la obligación de socorrer, amparar y defender, a los injustamente oprimidos. Representa al rubí, y en lo que se refiere a los signos del Zodiaco corresponde a Marte, Aries y Escorpio; como elemento, el fuego; el día, el martes y el mes, el de octubre; el metal, el cobre; árbol, el cedro y la flor, el clavel; de las aves, corresponde al pelícano. El gules en las armerías de los reyes y príncipes se llama Marte; en las de los títulos, rubí, y gules en la generalidad de la nobleza. El esmalte azul (azur) simboliza la realeza, la serenidad y la hermosura. Los que los lleven en sus armas, están obligados a socorrer a los fieles servidores de sus príncipes que "se hallan sin remuneración por sus servicios". En las piedras preciosas representa al zafiro y en los signos del Zodiaco a que se encuentra sujeto son Tauro y Libra. Su elemento es el aire; su metal, el acero; el día de la semana, el viernes; los meses, abril y septiembre; su árbol, el álamo; la flor, la violeta; su animal, el camaleón y su ave, el pavo real. El azur se llama Júpiter en las armerías reales, zafiro en las de los títulos y azur en la nobleza. El esmalte sinople es el verde. Su significado es la esperanza, la abundancia y la libertad; cuantos llevan este esmalte en su escudo quedan obligados a socorrer a los labradores en general y a los huerfanos y pobres que se encuentren oprimidos. Su signo zodiacal corresponde a Mercurio; su elemento es la tierra; el día de la semana, el miercoles; su mes, mayo; su metal, el azogue; como planta, el laurel; la flor, la siempreviva y como ave, el papagayo. En los blasones de los principes recibe el nombre de Venus; esmeralda, en el de los títulos y sinople en los de la nobleza en general. La banda significa el tahalí del caballero, y la banda que traían atravesada del hombro diestro al flanco siniestro, y por eso se expresa en esta situación en el escudo, habiéndola puesto por armas muchos de los que fueron a las cruzadas, según el color con que se distinguian las naciones. La cabeza significa trofeo, valor, superioridad y despojo sangriento. Los castillos son geroglífico de grandeza, y de elevación, porque ellos exceden en hermosura, en fortaleza, y en magnitud a todos los demas edificios: denota también el asilo, y la salvaguardia.