Hay casas de este linaje en Guipúzcoa, Álava y Navarra, y todas tienen un mismo origen. El primitivo solar estuvo, según manifiestan algunos autores, entre las villas de Eíbar y Elgóibar, ambas del partido judicial de Vergara, en la provincia de Guipúzcoa; pero otros dicen que la casa matriz de todas las demás radica en la villa de Eíbar. Don Juan Carlos de Guerra añade que son dos las casas de este linaje en Eíbar, y que se distinguen con los nombres de Aguinaga-gañekoa y Aguinaga-azpikoa. Miembros de los Aguinaga de Eíbar, según la creencia más general, fundaron después: la casa de Elgóibar; la que está sita en el lugar de Placencia, del mismo partido judicial de Vergara; la del lugar de Aguinaga, al que dieron por nombre su apellido, del Ayuntamiento de Usúrbil, en el partido judicial de San Sebastián; la de la anteiglesia de San Esteban de Oyarzun y la de la villa de Irún, en el mismo partido judicial de San Sebastián; la de tierra de Ayala, llamada de Mariaca, del partido judicial de Amurrio, en la provincia de Álava; la del lugar de Aguinaga, al que también dieron por nombre su apellido, del Ayuntamiento de Gulina, partido judicial de Pamplona, en Navarra; la de la villa de Lecumberri, también en Navarra, llamada casa de Alcatarena, y las que radicaron en las merindades de Uribe y Durango, en Vizcaya. De los Aguinaga de Eíbar procedió I. Miguel de Agumaga, que casó con doña María de Guevara, ambos naturales de la citada villa y padres de II. Miguel de Aguinaga, segundo del nombre, nacido en Eíbar, que contrajo matrimonio con doña María de Mendigoitea, de igual naturaleza, y de esta unión nacieron: 1.º, Juan Bautista de Aguinaga y Mendigoitea, que sigue, y 2.º, Miguel de Aguinaga y Mendigoitea, que ingresó en la Orden de Alcántara en 1689. III. El primogénito Juan Bautista de Aguinaga y Mendigoitea, natural de Eibar, ingresó como su hermano, en la Orden de Alcántara en 1689. Fue del Consejo de Su Majestad, Juez y Oficial de la Casa de Contratación de Indias, y casó con doña Agustina Antonia de Gamarra, natural de Sevilla, en la que tuvo a   IV. Ignacio Apolinario Aguinaga, natural de Sevilla y Capitán de Infantería Española, que ingresó en la Orden de Santiago en 1703. De los Aguinaga de la villa de Elgóibar, fue I. Juan de Aguinaga, natural de Elgóibar, esposo de dona Emerencia de Aguilar, de la misma naturaleza, y ambos padres de II. Francisco de Aguinaga, natural de Elgóibar, que casó con doña Clara de Arano, de igual naturaleza, y procrearon a III. Antonio de Aguinaga y Arano, natural de Elgóibar y Caballero de la Orden de Santiago, en la que ingresó en 1645. Ante la Justicia ordinaria de Azcóitia probaron su hidalguía Juan y otro Juan de Aguinaga, en 1478; ante la de San Sebastián, Martín Gómez de Aguinaga, en 1484; ante la de Fuenterrabía, Juan y Diego de Aguinaga, en 1663 y 1667, respectivamente; ante la de Aya, Domingo de Aguinaga, en 1605; ante la de Placencia, Francisco de Aguinaga, en 1651, y ante la de Elgóibar, Antonio y Martín de Aguinaga, en 1643 y 1723, respectivamente.

Escudos de Armas del apellido:
Las primitivas del linaje: Partido: 1.º, de sable, con un castillo de plata, aclarado de gules, y 2.º, de oro, con un árbol de sinople llamado tejo (el vocablo Aguinaga viene de Aguin, tejo), frutado de oro, y un lobo de sable pasante al pie del tronco. Estas mismas armas traen los Aguinaga de Eibar y los de Elgóibar, en Guipúzcoa; los de Ayala, en Álava, y los de las merindades de Uribe y Durango, en Vizcaya. En el expediente de pruebas de nobleza del Caballero de Alcántara, Miguel de Aguinaga y Mendigoitea, ya citado, natural de Eíbar, se dice textualmente: «Las armas de Aguinaga y Guevara (apellido que también llevaba ese caballero), son diez compones y seis bandas». Este dato parecía venir a deshacer la descripción que dejamos hecha del escudo primitivo de Aguinaga, que traen los de la villa de Eíbar; pero en otra página de ese mismo expediente vimos luego que, al citar las armas correspondientes a dicho caballero, por su apellido Mendicoetea, se hacía constar textualmente, que éstas eran: «Escudo partido: en un cuartel, un castillo, y en el otro cuartel, un árbol.» Y como a pesar de que no se especifican los esmaltes de los campos y piezas de ese escudo, tiene éste la misma partición y piezas que el que nosotros damos como primitivo del linaje y propio de los Aguinaga de Eíbar, vinimos en consecuencia de que en el expediente referido se atribuyen equivocadamente al apellido Aguinaga armas que corresponden a otros apellidos del aludido caballero, y a éstos, las que son propias del linaje Aguinaga. Ese escudo primitivo fue después modificado, y comenzaron a traerlo los Aguinaga de Eíbar y de Elgóibar, en la siguiente forma: Cuartelado: 1.º y 4.º, de sable, con un castillo de plata con las puertas y ventanas de azur, y 2.º y 3.º, de oro, con el árbol de sinople, frutado de oro, y un jabalí de sable, pasante al pie del tronco. Estas mismas armas traen, según afirma García Alonso de Torres, los Aguinaga de la casa del lugar de Placencia. También ostentan ese escudo los del lugar de Aguinaga y los de la anteiglesia de San Esteban de Oyarzun, en el partido judicial de San Sebastián, y los del lugar de Aguinaga del Ayuntamiento de Gulina, en Navarra. Algunos de estos últimos usan, además, el escudo primitivo, pero poniendo en la segunda partición, al pie del tronco del tejo, un jabalí de sable en vez del lobo. Otros tratadistas señalan para los Aguinaga de Eíbar, estas armas: Escudo cuartelado: 1.º, de oro, con un árbol de sinople; 2.º y 3.º, de sinople, con una cruz llana de oro, y 4.º, de plata, con dos fajas de azur. Ni estos autores, ni los que dan el anterior escudo, fijan la casa (de las dos que hay en Eibar y que se distinguen con los nombres de Aguinaga-gañekoa y Aguinaga-azpikoa), a que se refieren sus noticias, con la distinción necesaria para que podamos precisar qué blasones corresponden a la una y cuáles a la otra, si bien cabe la posibilidad de que los dos escudos hayan sido usados por una sola o por ambas, en distintos tiempos. Los de la casa de Irún traen también escudo cuartelado, pero con las siguientes diferencias: 1.º, de oro, con una cruz flordelisada de gules; 2.º y 3.º, de plata, con un aya de sinople y un lobo de sable, pasante al pie del tronco, y 4.º, de oro, con tres fajas de gules. Dice don Juan Francisco de Hita que la cruz del primer cuartel de este escudo la ganó uno del linaje en la toma de Granada, siendo Capitán al servicio del Rey Católico. Finalmente, y según atestigua don Francisco Lozano, otros Aguinaga en Navarra y en Guipúzcoa, traen escudo de azur, con una torre de plata, con su homenaje, y dos lobos de sable empinados a ella. En los cantones diestro y siniestro del jefe, una flor de lis de oro. Bordura de oro. En campo de sable, un castillo de plata con puertas y ventanas de gules; partido de oro, con un árbol de sinople, frutado de oro, y un lobo de sable, pasante al pie del tronco. Posteriormente se cuarteló este escudo, poniendo el castillo en el 1º y 4º, y el árbol con el lobo en el 2º y 3º. Los de Navarra y algunos de Guipúzcoa traen: De azur, una torre de plata, y dos lobos de sable, afrontados, empinados a ella.

Simbología de los escudos de Armas:
Teniendo en cuenta la indumentaria que en la Edad Media vestían los caballeros en la batalla (armadura, celada, etc.), y que los hacía irreconocibles, resultaba necesario buscar un método de identificación y distinción entre los contendientes, que fuera revelador, preciso y rápido a una cierta distancia. De ahí surge la fórmula de exhibir en sus escudos tinturas, emblemas, etc., que los diferenciase de forma inequívoca y singular en el campo de batalla. Por eso la simbología heráldica, en su origen, buscaba formas y colores que fuesen notorios y permitiesen distinguir a sus portadores de un golpe de vista. Tal vez es exagerada la tendencia de algunos autores de dar significado o contenido a todos los emblemas (piezas, muebles, etc.) y esmaltes heráldicos, aún así hay varios tratados que estudian la simbología de los blasones de forma muy exhaustiva, entre ellos: "Ciencia Heroyca", de Don José de Avilés. Año 1725; y "Adarga Catalana", de Don Francisco Xavier de Garma y Duràn. Año 1753 Por las Leyes de la Heráldica, cuantos lleven el oro en sus escudos están obligados a hacer el bien a los pobres y a defender a sus príncipes, peleando por ellos hasta su última gota de sangre. El oro simboliza el topacio. En las armerías de los reyes se le llama "sol", en las de los nobles con título de Duque, Marqués, Conde, etc, "topacio" y en el de la nobleza en general "oro". En su relación con los astros el oro es el Sol; de los doce signos del Zodiaco, Leo; de los elementos, el fuego; de los días de la semana, el domingo; de los meses del año, julio; de los árboles, el ciprés y de las flores, el girasol; de las aves, el gallo; de los cuadrúpedos, el león y de los peces, el delfín. La plata en las armerías recibe el nombre de Luna, en lo que se refiere a las de los soberanos; en las de los títulos, perla, y en las de los restantes nobles, plata; significa blancura, pureza, y los que la llevan en sus armas están obligados a defender a las doncellas y amparar a los huérfanos. La plata significa en su correspondencia con las piedras preciosas la perla. De los astros, la Luna; de los signos del Zodiaco, Cáncer, y de los elementos, el agua; de los días de la semana, el lunes; de los meses del año, los de enero y febrero; de los árboles, la palmera; de las flores, la azucena; de las aves, la paloma; y de los animales, el armiño. El color rojo, denominado en Heráldica, gules, simboliza el valor, la intrepidez y la valentía. Aquellos que llevan este color en sus blasones tienen la obligación de socorrer, amparar y defender, a los injustamente oprimidos. Representa al rubí, y en lo que se refiere a los signos del Zodiaco corresponde a Marte, Aries y Escorpio; como elemento, el fuego; el día, el martes y el mes, el de octubre; el metal, el cobre; árbol, el cedro y la flor, el clavel; de las aves, corresponde al pelícano. El gules en las armerías de los reyes y príncipes se llama Marte; en las de los títulos, rubí, y gules en la generalidad de la nobleza. El esmalte azul (azur) simboliza la realeza, la serenidad y la hermosura. Los que los lleven en sus armas, están obligados a socorrer a los fieles servidores de sus príncipes que "se hallan sin remuneración por sus servicios". En las piedras preciosas representa al zafiro y en los signos del Zodiaco a que se encuentra sujeto son Tauro y Libra. Su elemento es el aire; su metal, el acero; el día de la semana, el viernes; los meses, abril y septiembre; su árbol, el álamo; la flor, la violeta; su animal, el camaleón y su ave, el pavo real. El azur se llama Júpiter en las armerías reales, zafiro en las de los títulos y azur en la nobleza. El esmalte sinople es el verde. Su significado es la esperanza, la abundancia y la libertad; cuantos llevan este esmalte en su escudo quedan obligados a socorrer a los labradores en general y a los huerfanos y pobres que se encuentren oprimidos. Su signo zodiacal corresponde a Mercurio; su elemento es la tierra; el día de la semana, el miercoles; su mes, mayo; su metal, el azogue; como planta, el laurel; la flor, la siempreviva y como ave, el papagayo. En los blasones de los principes recibe el nombre de Venus; esmeralda, en el de los títulos y sinople en los de la nobleza en general. El ala representa a las alas del águila, simbolizando la libertad, dada sus ansias de volar y surcar los cielos. La banda significa el tahalí del caballero, y la banda que traían atravesada del hombro diestro al flanco siniestro, y por eso se expresa en esta situación en el escudo, habiéndola puesto por armas muchos de los que fueron a las cruzadas, según el color con que se distinguian las naciones. La bordura simboliza protección, favor y recompensa; así mismo la cota que vestían los caballeros para la guerra y que al salir de la pelea, ostentándola manchada de sangre enemiga, eran premiados con el añadido de la bordura de escudo, como insignia de valor. La bordura también se usa para combinar armerías, con la particularidad que las armas situadas en la bordura tienen siempre carácter secundario. El caballero simboliza la nobleza. En los comienzos de la Edad Moderna, era "soldado de caballería, que servia a su costa con armas y caballo". Desde el reinado de Felipe III, Caballero es el "Hidalgo de Nobleza reconocida". Los castillos son geroglífico de grandeza, y de elevación, porque ellos exceden en hermosura, en fortaleza, y en magnitud a todos los demás edificios: denota también el asilo, y la salvaguardia. La cruz es una pieza honorable, que representa la espada del caballero, dándose en Armería al combatiente que sacaba la espada teñida de sangre de sus enemigos. Del tiempo de las cruzadas quedaron algunas familias con la cruz por armas, para denotar que habían estado en ellas. La casa solariega, también llamada solar, casa fuerte, casa palacio, casa torre, casona, casal, etc., es el símbolo de las antiguas libertades de los nobles, caballeros e hidalgos, notoriedad y nobleza.