Acontece con este apellido lo que con casi todos los linajes cuya antigüedad se remonta a los primeros años de la Reconquista de España; que no es fácil, por la escasez de datos y su endeble consistencia, determinar de una manera clara cuáles fueron sus orígenes. Algunos tratadistas opinan que procede de Francia; sin embargo, otros autores muy autorizados lo consideran originario de Alemania, de donde vino un caballero alemán por los años 718 a pelear en España bajo las banderas de don Pelayo, alcanzando pronto gran renombre por sus proezas y hechos de armas. Ese caballero traía por divisa en su pendón, que recordaba la excelencia de su elevado origen, un águila, por lo que le llamaron, primero, el Caballero del Aguila, y después, Aguilera, sobrenombre que tomó por apellido, siendo el tronco y principal ascendiente de este noble linaje en España. 
El Cronista Antonio de Barahona dejó escrito que hubo desde tiempos remotos una ilustre casa de este apellido en las montañas de Trasmiera (Cantabria), considerada como casa solar matriz de otra que después fundaron en la ciudad de Soria, de la cual, a su vez, salió otra rama que pasó a Aragón, estableciéndose en Cetina (Zaragoza); otra rama pobló en Valtueña, (Soria), de la que fue Gil Aguilera, favorecido por el Rey Don Sancho IV, en 1290, con el Señorío de Aguilera, junto a Berlanga de Duero (Soria), y allí levantó un castillo. Ramiro de Aguilera pasó como Capitán de Caballos a la conquista de Andalucía, asistiendo con el Rey Don Fernando III el Santo a las tomas de Sevilla, Córdoba, Andujar (Jaén) y Porcuna (Jaén), quedando en este último punto como Alcaide, en 1245, y fundando nueva casa solar para sus hijos y descendientes. Ante las Reales Chancillerías de Valladolid y de Granada probaron los Aguilera su hidalguía, así como su nobleza para ingresar en las antiguas Órdenes Militares.

Escudos de Armas del apellido:

Algunos tratadistas dicen que don Juan de Aguilera, soldado de gran valor, que se distinguió peleando contra los moros y dejó sucesión en el reino de Valencia, traía escudo de gules con un águila de sable perfilada de oro. Hay también algunos Aguilera que traen escudo de azur, con un águila volante y terciada, de sable y perfilada de oro, mirando a un sol de oro colocado en el cantón diestro del jefe. Según Julio de Atienza, los Aguilera castellanos usaban: En campo de oro, un águila de sable, coronada de lo mismo. En algunas ocasiones se le añade una bordura de plata con siete veneras de sable. Otros de Cantabria traen: En campo de plata, un águila grifada de oro y orla de gules cargada con ocho sotueres de oro.

Simbología de los escudos de Armas:
Teniendo en cuenta la indumentaria que en la Edad Media vestían los caballeros en la batalla (armadura, celada, etc..), y que los hacía irreconocibles, resultaba necesario buscar un método de identificación y distinción entre los contendientes, que fuera revelador, preciso y rápido a una cierta distancia. De ahí surge la fórmula de exhibir en sus escudos tinturas, emblemas, etc.., que los diferenciase de forma inequívoca y singular en el campo de batalla. Por eso la simbología heráldica, en su origen, buscaba formas y colores que fuesen notorios y permitiesen distinguir a sus portadores de un golpe de vista. Tal vez es exagerada la tendencia de algunos autores de dar significado o contenido a todos los emblemas (piezas, muebles, etc..) y esmaltes heráldicos, aun así hay varios tratados que estudian la simbología de los blasones de forma muy exhaustiva, entre ellos: "Ciencia Heroyca", de Don José de Avilés. Año 1725; y "Adarga Catalana", de Don Francisco Xavier de Garma y Duràn. Año 1753 Por las Leyes de la Heráldica, cuantos lleven el oro en sus escudos están obligados a hacer el bien a los pobres y a defender a sus príncipes, peleando por ellos hasta su última gota de sangre. El oro simboliza el topacio. En las armerías de los reyes se le llama "sol", en las de los nobles con título de Duque, Marqués, Conde, etc., "topacio" y en el de la nobleza en general "oro". En su relación con los astros el oro es el Sol; de los doce signos del Zodiaco, Leo; de los elementos, el fuego; de los días de la semana, el domingo; de los meses del año, julio; de los árboles, el ciprés y de las flores, el girasol; de las aves, el gallo; de los cuadrúpedos, el león y de los peces, el delfín. La plata en las armerías recibe el nombre de Luna, en lo que se refiere a las de los soberanos; en las de los títulos, perla, y en las de los restantes nobles, plata; significa blancura, pureza, y los que la llevan en sus armas están obligados a defender a las doncellas y amparar a los huérfanos. La plata significa en su correspondencia con las piedras preciosas la perla. De los astros, la Luna; de los signos del Zodiaco, Cáncer, y de los elementos, el agua; de los días de la semana, el lunes; de los meses del año, los de enero y febrero; de los árboles, la palmera; de las flores, la azucena; de las aves, la paloma; y de los animales, el armiño. El color rojo, denominado en Heráldica, gules, simboliza el valor, la intrepidez y la valentía. Aquellos que llevan este color en sus blasones tienen la obligación de socorrer, amparar y defender, a los injustamente oprimidos. Representa al rubí, y en lo que se refiere a los signos del Zodiaco corresponde a Marte, Aries y Escorpio; como elemento, el fuego; el día, el martes y el mes, el de octubre; el metal, el cobre; árbol, el cedro y la flor, el clavel; de las aves, corresponde al pelícano. El gules en las armerías de los reyes y príncipes se llama Marte; en las de los títulos, rubí, y gules en la generalidad de la nobleza. El esmalte azul (azur) simboliza la realeza, la serenidad y la hermosura. Los que los lleven en sus armas, están obligados a socorrer a los fieles servidores de sus príncipes que "se hallan sin remuneración por sus servicios". En las piedras preciosas representa al zafiro y en los signos del Zodiaco a que se encuentra sujeto son Tauro y Libra. Su elemento es el aire; su metal, el acero; el día de la semana, el viernes; los meses, abril y septiembre; su árbol, el álamo; la flor, la violeta; su animal, el camaleón y su ave, el pavo real. El azur se llama Júpiter en las armerías reales, zafiro en las de los títulos y azur en la nobleza. El águila se concede en los blasones a los hombres que exceden en valor, generosidad y braveza a los demás hombres. El sotuer o aspa se trae a las armerías españolas por la batalla de Baeza, ganada contra los moros el día de San Andrés del Año de 1227, que es la forma de la Cruz en que estuvo este Santo Apostol en su martirio. La bordura simboliza protección, favor y recompensa; así mismo la cota que vestían los caballeros para la guerra y que al salir de la pelea, ostentándola manchada de sangre enemiga, eran premiados con el añadido de la bordura de escudo, como insignia de valor. La bordura también se usa para combinar armerías, con la particularidad que las armas situadas en la bordura tienen siempre carácter secundario.